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- 净土指归集.下卷（京都阜成门外衍法寺）
- 净土指归集.上卷（京都阜成门外衍法寺）
- 金光明最胜王经.存卷6.卷9.唐释义净奉制译.平安(寄合书.绀纸金泥)
- 金光明最胜王经.9册
- 金刚经川老颂
- 金刚顶一切如来真实摄大乗现证大教王经3卷.唐释不空奉诏译.平安初写
- 金刚般若波罗蜜经感应传
- 诫初心学人文
- 华严经入不思议解脱境界普贤行愿品
- 涵虚堂得通和尙语录
- 寒山诗集.丰干拾得诗附.1卷.唐释寒山撰.南宋刊
- 花山龙珠寺上梁文
- 海东曹溪第六世圆监国师歌颂（松广寺发行）
- 海东曹溪第六世圆监国师歌颂（抄本）
- 黄檗开山普照国师年谱
- 冠注大乘起信论义记（笠间龙跳冠注.1889元禄版.明治22年.1889）
- 观无量寿经.折本
- 观无量寿经
- 观普贤菩萨行法经
- 观楞伽记（北京.红香馆.道光 8年1828.重梓）
- 高丽国普照禅师语录
- 高丽国普照禅师修心诀
- 高丽国大瑜珈桐华寺住持五敎都僧统普慈国尊赠谥弘眞碑铭
- 高峰和尚禅要
- 根本说一切有部苾蒭尼毗奈耶.存卷14.唐释义浄译.天平12年写(藤原光明子令写)
- 佛遗敎经
- 佛说仁王护国般若波罗蜜经2卷.后秦.释鸠摩罗什译.明万历20年（1592）刊本（美国伯克利分校）
- 佛说廻向轮经1卷.唐释尸罗达摩译.平安末鎌仓初写
- 佛说观无量寿佛经疏2卷.刘宋.释畺良耶舍译.隋.释智顗疏.明刊本（美国伯克利分校）
- 佛说阿难四事经1卷.吴支谦译.神护景云2年写(称德天皇令写)
- 法界安立图3卷.明.释仁潮辑.明万历35年（1607）刊本（美国伯克利分校）
- 梵海禅师遗稿.2册
- 梵海禅师遗稿 (下)
- 梵海禅师遗稿 (上)
- 大总相法文
- 大总相法门
- 大慧普觉禅师法语
- 大方广佛华严经.存卷40(尾题大方广佛华严经行愿品).唐释般若译.寿永2年写(比丘尼心觉)
- 大方广佛华严经.存卷19.22.唐释实叉难陀译.奈良後期写(大坂广川等)
- 大方广佛华严经.存卷16.唐释实叉难陀译.奈良後期写(五百木部真胜)
- 大方广佛华严经.80卷.附入不思议解脱境界普贤行愿品1卷.宋绍兴12年跋刊(绍兴府华严会)
- 大佛顶如来密因修证了义诸菩萨万行首楞严经.2册.（吴芝瑛书法）
- 大乘总持
- 大乘入楞伽经.2册
- 大乘起信论内义略探记
- 大乘起信论
- 大乘本生心地观经8卷.存卷8.唐释般若译.平安写(传小野道风笔)
- 大乘本生心地观经.折本
- 大乘布萨说戒1卷.阙名撰.奈良末平安初
- 大乘悲分陁利经.8卷.存卷3.阙名译.平安
- 大般若经关法6卷.宋释永隆.释大隐撰.宋淳煕7年刊四明鄞县太原沃承璋等
- 草衣禅师一枝庵 诗稿
- 出曜经.存卷8.首阙.姚秦释竺佛念译.天平12年写(藤原光明子令写)
- 曹溪真觉国师语录
- 曹溪真觉国师法语
- 冲虚大师遗集
- 参同契阐幽.2册
- 持人菩萨经.存卷2.西晋释竺法护译.奈良写
- 曾谷集
- 慈悲道场忏法10卷.释觉明注并释音.明景泰6年（1455）河南南阳府唐县刊本（美国伯克利分校）
- 百愚随笔
- 般若波罗蜜多心经
- 不空羂索神呪心经1卷.唐释玄奘奉诏译.奈良(藤原光明子令写)
- 北磵和尚语录1卷.宋释敬叟居简撰释物初大观编.宋淳佑12年序刊
- 北磵和尚外集1卷.附行状1卷.宋释敬叟居简撰释物初大观编.宋淳佑12年序刊
- 阿弥陀经要解
- 藏志（一二卷）
- 证治摘要（上下卷）
- 证治准绳王肯堂全集
- 直指篇（3卷）
- 诊病奇骇（一二卷）
- 药征（上中下卷）
- 肬志（13卷）
- 药征续编（上中下卷）
- 远西医方名物考（45卷）
- 药品手引草（2卷）
- 眼科新书（6卷）
- 眼科锦囊（6卷）
- 眼科锦囊（4卷）
- 眼科锦囊（14卷）
- 续眼科锦囊（上下卷）
- 续易简方论（14卷）
- 续易简方论后集（15卷）
- 西医方选（2卷）
- 薛氏四十二种（129卷）
- 薛氏二十四种（11卷）
- 穴名备考（上下卷）
- 瘟疫论类编（上下卷）
- 瘟疫论标注（2卷）
- 瘟疫方论（上下卷）
- 痧胀玉衡书（5卷）
- 痧胀玉衡书（15卷）
- 说疫（6卷）
- 素问识（18卷）
- 素问入式运气论奥谚解（17卷）
- 神农本草经疏（112卷）
- 青囊琐探（上下卷）
- 鹏氏眼科书（14卷）
- 难经小解（16卷）
- 难经铁鑑（5卷）
- 难经疏证（上下卷）
- 难经经释（一二卷）
- 难经抄（一二三卷）
- 难经本义（上下卷）
- 难经本义抄（16卷）
- 麻疹三书（一二卷）
- 麻疹辑要方（2卷）
- 蔓难录（15卷）
- 霉疠新书（2卷）
- 霉瘡约言（一二卷）
- 秘传大人小儿卫生论（2卷）
- 类证辨异（2卷）
- 类证辨异全九集（上下卷）
- 雷公炮制（18卷）
- 经验医疗手引草（17卷）
- 集验良方（16卷）
- 经验丹方（四卷）
- 经穴纂要（15卷）
- 经穴汇解（18卷）
- 脚气钩要（一二卷）
- 经络歌括（2卷）
- 金匮要略正义（14卷）
- 金匮要略注解（5卷）
- 金匮要略述义（14卷）
- 金匮要略国字解（16卷）
- 金匮要略方（一二卷）
- 金匮要略方论考证（15卷）
- 金匮玉函要略论注（6卷）
- 金匮玉函经（120卷）
- 金匮论注（18卷）
- 金匮二刘合注（上下卷）
- 金镜内台方义（3卷）
- 蕉窗杂话（2卷）
- 蕉窗方意解（一二卷）
- 蕉窗方意解（2卷）
- 黄钟录（上下卷）
- 红杏秘录（上下卷)
- 黄帝内经素问（19卷）
- 葛氏方（上中下卷）
- 观聚方要补（2卷）
- 风寒热病方纬篇（17卷）
- 订正东医宝鉴（25卷）
- 顿医抄（121卷）
- 痘学真传（4卷）
- 达生图说（3卷）
- 达生录（12卷）
- 读类聚方（一二卷）
- 痘科键删正补注（16卷）
- 痘科键私衡（6卷）
- 赤水玄珠（151卷）
- 补正辑光伤寒论（上下卷）
- 贝原先生养生论（15卷）
- 辨医断（上下卷）
- 辨惑论（一二卷）
- 子玄子产论（一二卷）
- 增图医学入门（10卷）
- 张氏医通（14卷）
- 治痢神书证治烈方（3卷）
- 疹科治法纲（一二卷）
- 增广医方口诀集（上中下卷）
- 整骨新书（3卷）
- 正骨范图说（2卷）
- 增补万病回春（8卷）
- 增补日用食性大全（三卷）
- 增补脉论口诀（15卷）
- 增补古方药品考（15卷）
- 御纂医宗金鉴（64卷）
- 医賸（上中下三卷）
- 医賸（3卷）
- 医门法律（17卷）
- 医林蒙求（上中下三卷）
- 疡科秘录（10卷）
- 疡科秘录（110卷）续疡科秘录（15卷）
- 疡科阶梯（一二卷）
- 医经溯洄集和语钞（110卷）
- 医籍考（180卷）
- 医经解惑论（上中下卷）
- 夜光壁（一二卷）
- 医范提纲（3卷）
- 医方考绳愆（17卷）
- 医方大成论和语抄（8卷）
- 医断（2卷本）
- 医道二千年眼目编（113卷）
- 医案类语（4卷）
- 新增增补和兰药镜（18卷）
- 校正宋版伤寒论（3卷）
- 校正钱氏小儿直诀（3卷）
- 新校宋版伤寒论（一二卷）
- 新添修治纂要（3卷）
- 小青囊（10卷）
- 小儿推拿广义（2卷）
- 新编济世全书（18卷）
- 吴医汇讲（14卷）
- 外台秘要（40卷）
- 王叔和脉经（110卷）
- 外科新书（2卷）
- 外科精义（2卷）
- 泰西外科全功（3卷）
- 泰西热病论（6卷）
- 日用食鑑（上中下卷）
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